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代谢工程与合成生物学(第2版)

“十一五”国家规划教材

作者:
王智文 陈涛 赵学明
定价:
49.00元
ISBN:
978-7-04-059940-4
版面字数:
560.000千字
开本:
16开
全书页数:
暂无
装帧形式:
平装
重点项目:
“十一五”国家规划教材
出版时间:
2023-07-12
读者对象:
高等教育
一级分类:
生物技术/生物工程

本书是在普通高等教育“十一五”国家级规划教材《代谢工程》第1版的基础上,通过整合、修订,以及扩展合成生物学相关内容,综合代谢工程与合成生物学相关理论与实践的最新成果编写而成。

全书共分13章,详细介绍了代谢工程与合成生物学的发展背景、基本原理与方法,基因组学与基因组尺度代谢网络模型,转录组学,蛋白质组学,代谢通量组学,代谢组学,基因组编辑与途径组装,基因表达的调控与优化,人工合成基因组,人工混菌体系,进化工程等内容。本书重视对概念、原理、方法的阐述,并配有丰富的知识拓展、典型案例、技术应用、科学家故事、参考文献等数字资源。

本书可作为生物工程、生物技术、医学、药学、化学工程、环境工程专业等专业高年级本科生和研究生的教学用书,也可供相关领域的研究、开发及工程设计人员参考。

  • 前辅文
  • 1 绪论
    • 1.1 代谢工程
      • 1.1.1 代谢工程学科建立的背景
      • 1.1.2 代谢工程学科的建立
      • 1.1.3 代谢工程的定义与发展
      • 1.1.4 代谢工程的主要研究方法
    • 1.2 合成生物学
      • 1.2.1 合成生物学学科建立的背景
      • 1.2.2 合成生物学的定义
      • 1.2.3 合成生物学的研究策略
      • 1.2.4 合成生物学的主要研究领域
    • 1.3 代谢工程与合成生物学的关系
      • 1.3.1 代谢工程与合成生物学交叉融合
      • 1.3.2 代谢工程与合成生物学的发展趋势
  • 2 细胞代谢反应与黑箱模型
    • 2.1 细胞生长和生物量化学式
      • 2.1.1 细胞生长
      • 2.1.2 生物量化学式
    • 2.2 细胞的代谢反应和流通代谢物
      • 2.2.1 运输反应
      • 2.2.2 供能反应与分解代谢
      • 2.2.3 生物合成反应与聚合反应
      • 2.2.4 流通代谢物
    • 2.3 生物反应的质量平衡方程
      • 2.3.1 间歇培养
      • 2.3.2 连续培养
      • 2.3.3 比反应速率与得率系数
    • 2.4 生物反应的黑箱模型
      • 2.4.1 黑箱模型的建立方法
      • 2.4.2 黑箱模型的元素平衡和还原度平衡
      • 2.4.3 测量数据的一致性检验
      • 2.4.4 黑箱模型的系统分析
      • 2.4.5 测量数据的最大似然估计和h检验
  • 3 代谢通量分析与代谢控制分析
    • 3.1 代谢通量分析的原理
      • 3.1.1 无细胞生长时的代谢通量分析
      • 3.1.2 有细胞生长时的代谢通量分析
    • 3.2 代谢通量分析的系统方法
      • 3.2.1 基于测量数据的代谢通量分析
      • 3.2.2 基于线性规划的代谢通量分析
      • 3.2.3 基于同位素标记的代谢通量分析简介
    • 3.3 代谢控制分析的基础理论
      • 3.3.1 通量控制系数及其加和定理
      • 3.3.2 浓度控制系数及其加和定理
      • 3.3.3 弹性系数和连接定理
      • 3.3.4 参数弹性系数及MCA理论的通用表达式
    • 3.4 通量控制系数的确定方法
      • 3.4.1 直接法
      • 3.4.2 间接法
      • 3.4.3 Linlog动力学法
      • 3.4.4 大扰动法
    • 3.5 部分守恒循环途径通量控制系数的确定
  • 4 基因组学与基因组尺度代谢网络模型
    • 4.1 基因组学概述
      • 4.1.1 基因组学有关概念
      • 4.1.2 基因组学研究内容
    • 4.2 基因组尺度代谢网络模型概述
      • 4.2.1 用于模型构建的工具
      • 4.2.2 基因组尺度代谢网络模型数据库
    • 4.3 基因组尺度代谢网络模型的重构过程
      • 4.3.1 基因组尺度代谢网络数据库的建立
      • 4.3.2 数学模型的建立
      • 4.3.3 模拟运算
      • 4.3.4 模型的质量评估
    • 4.4 酶约束网络模型的构建和分析
      • 4.4.1 基于细胞体积对酶进行约束的方法
      • 4.4.2 基于酶总浓度进行约束的方法
      • 4.4.3 酶约束模型构建数据的获取
      • 4.4.4 酶约束模型的分析应用
    • 4.5 复合代谢网络模型
      • 4.5.1 复合代谢网络模型的构建
      • 4.5.2 复合代谢网络模型的质控
    • 4.6 基因组尺度代谢网络模型的应用
      • 4.6.1 基因敲除研究
      • 4.6.2 发现药物靶点
      • 4.6.3 指导菌体改进和代谢工程
      • 4.6.4 泛基因组分析
  • 5 转录组学
    • 5.1 转录组学概述
      • 5.1.1 转录组学有关概念
      • 5.1.2 转录组学平台技术
    • 5.2 基于基因芯片技术的转录组分析
      • 5.2.1 cDNA基因芯片技术
      • 5.2.2 寡核苷酸基因芯片技术
      • 5.2.3 芯片数据分析
    • 5.3 基于RNASeq技术的转录组分析
      • 5.3.1 RNASeq的原理及基本实验步骤
      • 5.3.2 RNASeq的技术优势
    • 5.4 两种转录组分析平台技术的比较与联合使用
    • 5.5 转录组数据的存储及交流
    • 5.6 转录组学技术的应用
      • 5.6.1 代谢或转录调控机制的解析
      • 5.6.2 发现菌株改进的代谢工程靶点
      • 5.6.3 合成途径的解析或新途径发现
      • 5.6.4 发现或表征合成生物学元件
  • 6 蛋白质组学
    • 6.1 蛋白质组学概述
      • 6.1.1 蛋白质组学有关概念
      • 6.1.2 蛋白质组学研究平台技术分类
      • 6.1.3 蛋白质组学研究步骤
    • 6.2 蛋白质组学研究核心技术
      • 6.2.1 大规模蛋白质分离
      • 6.2.2 蛋白质组学研究中的质谱分析技术
      • 6.2.3 基于质谱的定量蛋白质组学技术
      • 6.2.4 靶向蛋白质组学技术
    • 6.3 海量蛋白质数据分析处理技术
    • 6.4 蛋白质组学的应用
      • 6.4.1 发现代谢工程操作靶点
      • 6.4.2 解析复杂生物质利用途径
      • 6.4.3 研究菌株对胁迫环境的响应
  • 7 代谢通量组学
    • 7.1 代谢通量分析的发展
    • 7.2 13C标记实验和测量
      • 7.2.1 标记实验
      • 7.2.2 质谱检测
      • 7.2.3 核磁共振波谱检测
    • 7.3 稳态13C代谢通量分析
      • 7.3.1 同位素标记异构体中天然同位素丰度的校正
      • 7.3.2 代谢通量比率分析
      • 7.3.3 基于同位素标记异构体分布模型的代谢通量分析
    • 7.4 非稳态13C代谢通量分析
      • 7.4.1 同位素非稳态标记实验及其测量
      • 7.4.2 非稳态13C代谢通量计算方法
    • 7.5 代谢通量分析的应用
      • 7.5.1 发现新的代谢途径
      • 7.5.2 阐明代谢网络结构
      • 7.5.3 辨识途径限速步骤
      • 7.5.4 解析原料利用途径
      • 7.5.5 理解工业生产过程
  • 8 代谢组学
    • 8.1 代谢组学概述
    • 8.2 微生物代谢组学的研究方法
      • 8.2.1 菌株的培养
      • 8.2.2 样品处理
      • 8.2.3 代谢物组数据的采集
      • 8.2.4 数据挖掘
    • 8.3 微生物代谢组学的应用
      • 8.3.1 发现代谢工程操作靶点
      • 8.3.2 解析代谢调控机制
      • 8.3.3 优化发酵工艺
  • 9 基因组编辑与途径组装
    • 9.1 基因组编辑的原理与技术
      • 9.1.1 基于同源重组的编辑技术
      • 9.1.2 基于非同源末端连接的编辑技术
      • 9.1.3 基于反向筛选的编辑技术
      • 9.1.4 基于位点特异性重组的编辑技术
      • 9.1.5 基于转座重组的编辑技术
      • 9.1.6 基于内切核酸酶的编辑技术
    • 9.2 基因组编辑技术的应用
      • 9.2.1 多元自动化基因组工程
      • 9.2.2 可追踪基因组工程
    • 9.3 途径组装的原理与技术
      • 9.3.1 基于酶切连接的基因组装技术
      • 9.3.2 基于同源重组的基因组装技术
      • 9.3.3 基于位点特异性重组的基因组装技术
      • 9.3.4 基于支架的酶组装技术
      • 9.3.5 基于细胞区室的酶组装技术
    • 9.4 途径组装技术的应用
      • 9.4.1 途径自动化高通量组装
      • 9.4.2 途径酶共定位
  • 10 基因表达的调控与优化
    • 10.1 基因表达的调控与优化概述
    • 10.2 细胞的基因表达调控机制
      • 10.2.1 转录水平的调控机制
      • 10.2.2 蛋白质水平的调控机制
    • 10.3 基因表达的调控技术及应用
      • 10.3.1 基于调控元件的基因表达优化技术及应用
      • 10.3.2 基于反义RNA的基因表达调控技术与应用
      • 10.3.3 基于CRISPR的基因表达调控技术及应用
      • 10.3.4 基于基因回路的动态调控技术及应用
  • 11 人工合成基因组
    • 11.1 基因组序列的人工设计
      • 11.1.1 基因组适度精简
      • 11.1.2 基因组序列重构
    • 11.2 合成型基因组的模块化组装
      • 11.2.1 寡核苷酸链的化学合成
      • 11.2.2 短片段DNA的PCA组装
      • 11.2.3 中片段DNA组装
      • 11.2.4 染色体/基因组的组装
    • 11.3 基因组的检验
    • 11.4 人工基因组的纠错
      • 11.4.1 基因组序列缺陷定位
      • 11.4.2 基因组序列纠错
    • 11.5 基因组诱导重排构建细胞工厂
      • 11.5.1 精准调控系统和快速筛选系统
      • 11.5.2 构建非整倍体底盘细胞
      • 11.5.3 构建基因型多样性底盘细胞
      • 11.5.4 外源代谢路径优化
    • 11.6 DNA信息存储
      • 11.6.1 DNA信息存储的优势
      • 11.6.2 基于人工合成染色体的DNA信息存储
      • 11.6.3 DNA信息存储的不足和发展预测
  • 12 人工混菌体系
    • 12.1 人工混菌体系的概念与意义
      • 12.1.1 混菌体系的概念
      • 12.1.2 人工混菌体系的意义
    • 12.2 微生物间的互作关系与交互机制
      • 12.2.1 微生物间的互作关系
      • 12.2.2 微生物间的信号交互机制
    • 12.3 人工混菌体系的设计与构建
      • 12.3.1 人工混菌体系的设计
      • 12.3.2 人工混菌体系的构建方式
      • 12.3.3 混菌体系中运用的主要检测技术
      • 12.3.4 人工混菌体系的调控与优化
    • 12.4 人工混菌体系的应用
      • 12.4.1 复杂代谢路径生物基化学品的合成
      • 12.4.2 木质纤维素等低劣生物质的降解与转化
      • 12.4.3 强化环境生物修复
      • 12.4.4 新药研发及人体健康
  • 13 进化工程
    • 13.1 进化工程的原理
      • 13.1.1 进化过程与适应度
      • 13.1.2 进化过程中的基因型变异
    • 13.2 进化工程的步骤与方法
      • 13.2.1 变异
      • 13.2.2 选择
      • 13.2.3 筛选
    • 13.3 进化工程与代谢工程的关系
    • 13.4 进化工程的应用
      • 13.4.1 扩展底物利用范围,提高底物利用效率
      • 13.4.2 提高微生物对不同胁迫耐受性
      • 13.4.3 改进细胞的生物基产品合成能力
      • 13.4.4 阐释代谢调控机制,创造新型催化活性蛋白酶
    • 13.5 基于高通量测序技术的进化工程研究和逆向代谢工程
      • 13.5.1 基因组尺度的进化工程菌株突变规律分析
      • 13.5.2 基于比较基因组学的逆向代谢工程
  • 索引

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