《蛋白质分析实验技术指南》包含非常实用的8个模块：蛋白质样品的制备；蛋白质定量、电泳与染色分析；蛋白质的原核表达与纯化；蛋白质与蛋白质相互作用的研究；蛋白质与核酸相互作用的研究；差异表达蛋白质分析；磷酸化蛋白质的检测与分析；蛋白质质谱鉴定。该书的整体设计合理，实用性强，其中特别值得一提的是除了详尽的实验过程描述以外，作者还在每页增加了需要注意事项的说明，有助于解决实验过程中出现的问题。
- 模块一 蛋白质样品的制备
- 1-1 总蛋白质样品的制备
- 1-2 亚细胞器蛋白质样品的制备
- 1-3 修饰蛋白质样品的制备
- 模块二 蛋白质定量、电泳与染色分析
- 2-1 蛋白质浓度测定
- 2-2 聚丙烯酰胺凝胶电泳
- 2-3 蛋白质凝胶染色分析
- 模块三 蛋白质的原核表达与纯化
- 3-1 蛋白质的原核表达及检测
- 3-2 GST融合蛋白的纯化
- 3-3 多聚组氨酸融合蛋白的表达与纯化
- 3-4 MBP融合蛋白的表达与纯化
- 模块四 蛋白质与蛋白质相互作用的研究
- 4-1 酵母双杂交系统检测蛋白质的相互作用
- 4-2 酵母双杂交系统筛选相互作用的蛋白质
- 4-3 免疫共沉淀检测蛋白质的相互作用
- 4-4 蛋白质亚细胞共定位
- 4-5 融合蛋白沉降技术分析蛋白质的相互作用
- 模块五 蛋白质与核酸相互作用的研究
- 5-1 启动子调控元件分析
- 5-2 电泳迁移率实验分析
- 5-3 染色质免疫沉淀法分析
- 5-4 细胞瞬时相互作用分析
- 5-5 酵母单杂交分析
- 5-6 PCR辅助蛋白质DNA序列特异性分析
- 模块六 差异表达蛋白质分析
- 6-1 双向电泳法分析差异表达蛋白质
- 6-2 荧光标记差异分析凝胶电泳法分析差异表达蛋白质
- 6-3 同位素标记法分析差异表达蛋白质
- 模块七 磷酸化蛋白质的检测与分析
- 7-1 32P放射性标记检测
- 7-2 PRO-Q Diamond染色法
- 7-3 磷酸化抗体检测法
- 7-4 亲和富集法
- 7-5 固相金属离子亲和色谱法
- 7-6 强阳离子交换色谱（SCX）法
- 7-7 磷酸化肽段和磷酸化位点的质谱鉴定
- 模块八 蛋白质质谱鉴定
- 8-1 凝胶分离样品的质谱鉴定
- 8-2 液相色谱分离样品的质谱鉴定
