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细菌古菌系统分类学原理及鉴定技术


作者:
主编 李文均 刘兰 焦建宇 房保柱
定价:
46.00 元
版面字数:
300千字
开本:
16开
装帧形式:
平装
版次:
1
最新版次
印刷时间:
2025年
ISBN:
978-7-04-063925-4
物料号:
63925-00
出版时间:
2025-01-13
读者对象:
高等教育
一级分类:
生物科学
二级分类:
微生物学/真菌学

本书以文字、图片和视频相结合的方式,从相关知识背景、原理、检测技术及注意事项等方面,对细菌古菌系统分类学中涉及的形态学特征、生理生化特征、细胞化学特征及分子生物学特征的内容进行了系统阐述和详细实践指导。同时,本书介绍了原核生物系统分类学的发展史、细菌古菌常用的分离方法、菌种的保藏、序列提交、菌株命名法规和命名方法等相关内容。

本书旨在将原核生物系统分类学的最新成果、理论和方法进行呈现,内容丰富全面,精炼易学,操作步骤详尽清晰,适合作为高等学校生命科学类专业本科生及研究生的教材,也为相关学科的教学、科研和应用开发提供实用性参考。

  • 目录
    • 前辅文
      • 第一章 原核生物系统分类学发展史
        • 第一节 原核生物系统分类学简介
          • 一、系统学与分类学
            • 二、分类学三要素
              • 三、分类系统和鉴定标准
              • 第二节 原核生物系统分类学发展史
                • 一、前基因组时代
                  • 二、基因组时代
                    • 三、后基因组时代
                    • 第三节 我国原核生物系统分类学发展史
                      • 一、形态和生理生化分类时代
                        • 二、多相分类方法的建立时代
                          • 三、多相分类发展时期
                        • 第二章 原核生物分类鉴定流程
                          • 第一节 菌株的分离
                            • 一、微生物分离培养的传统方法
                              • 二、微生物分离培养的新型方法
                              • 第二节 待鉴定菌株的选择及系统发育树的构建
                                • 一、根据16S rRNA基因相似性选择
                                  • 二、根据比较基因组分析结果选择
                                    • 三、系统发育树的构建
                                    • 第三节 多相分类
                                      • 一、形态学特征
                                        • 二、生理生化特征
                                          • 三、细胞化学特征
                                          • 第四节 其余流程
                                            • 一、序列上传
                                              • 二、菌株的保藏
                                                • 三、菌株的命名
                                                  • 四、新分类单元的发表
                                                  • 第五节 原核生物系统分类学经典工具书——“伯杰氏手册”
                                                    • 一、“伯杰氏手册”的历史
                                                      • 二、伯杰氏国际微生物系统学学会
                                                    • 第三章 细菌和古菌的分离培养
                                                      • 第一节 细菌和古菌分离培养的一般步骤
                                                        • 一、环境样品采集
                                                          • 二、培养基准备
                                                            • 三、样品预处理
                                                              • 四、梯度稀释
                                                                • 五、样品稀释涂布
                                                                  • 六、菌落挑取
                                                                    • 七、微生物保存
                                                                      • 八、DNA提取
                                                                        • 九、PCR扩增及测序
                                                                        • 第二节 极端生境细菌和古菌的分离培养策略
                                                                          • 一、高温环境
                                                                            • 二、干旱环境
                                                                              • 三、盐碱环境
                                                                                • 四、酸性环境
                                                                                  • 五、低温环境
                                                                                    • 六、厌氧原核生物
                                                                                    • 第三节 细菌和古菌的分离培养新方法
                                                                                      • 一、基于膜扩散的方法
                                                                                        • 二、微流控技术
                                                                                          • 三、细胞分选技术
                                                                                          • 第四节 多组学指导下的细菌和古菌的分离
                                                                                          • 第四章 形态学特征
                                                                                            • 第一节 常用的显微镜
                                                                                              • 一、普通光学显微镜
                                                                                                • 二、相差显微镜
                                                                                                  • 三、荧光显微镜
                                                                                                    • 四、激光扫描共聚焦荧光显微镜
                                                                                                      • 五、原子力显微镜
                                                                                                        • 六、透射电子显微镜
                                                                                                          • 七、扫描电子显微镜
                                                                                                          • 第二节 细菌和古菌的细胞形态观察
                                                                                                            • 一、普通光学显微镜下对细菌和古菌细胞形态的观察
                                                                                                              • 二、扫描电子显微镜下对细菌和古菌细胞形态的观察
                                                                                                                • 三、透射电子显微镜下对细菌和古菌细胞形态的观察
                                                                                                                • 第三节 放线菌的细胞形态观察
                                                                                                                  • 一、放线菌的形态
                                                                                                                    • 二、放线菌的培养特征实验
                                                                                                                      • 三、采用埋片法观察放线菌的形态
                                                                                                                      • 第四节 特殊结构的观察
                                                                                                                        • 一、革兰氏染色
                                                                                                                          • 二、鞭毛染色
                                                                                                                            • 三、芽孢染色
                                                                                                                              • 四、荚膜染色
                                                                                                                            • 第五章 生理生化特征
                                                                                                                              • 第一节 常规生理生化特征
                                                                                                                                • 一、pH耐受
                                                                                                                                  • 二、温度耐受
                                                                                                                                    • 三、盐浓度耐受
                                                                                                                                      • 四、细胞游动性
                                                                                                                                        • 五、碳氮源利用
                                                                                                                                          • 六、氧化酶检测
                                                                                                                                            • 七、过氧化氢酶检测
                                                                                                                                              • 八、纤维素酶检测
                                                                                                                                                • 九、淀粉酶检测
                                                                                                                                                  • 十、脲酶检测
                                                                                                                                                    • 十一、脂酶检测
                                                                                                                                                      • 十二、明胶液化检测
                                                                                                                                                        • 十三、牛奶凝固与胨化检测
                                                                                                                                                          • 十四、硝酸盐还原检测
                                                                                                                                                            • 十五、产硫化氢检测
                                                                                                                                                              • 十六、抗生素敏感性检测
                                                                                                                                                                • 十七、抗菌活性检测
                                                                                                                                                                  • 十八、厌氧菌电子受体检测
                                                                                                                                                                    • 十九、厌氧菌产有机酸及醇类检测
                                                                                                                                                                    • 第二节 Biolog鉴定系统
                                                                                                                                                                      • 一、常用Biolog微孔板介绍
                                                                                                                                                                        • 二、检测方法
                                                                                                                                                                        • 第三节 API鉴定系统
                                                                                                                                                                          • 一、常见的API试纸条介绍
                                                                                                                                                                            • 二、操作步骤
                                                                                                                                                                          • 第六章 细胞化学特征
                                                                                                                                                                            • 第一节 极性脂分析
                                                                                                                                                                              • 一、细菌极性脂的分析
                                                                                                                                                                                • 二、古菌极性脂的分析
                                                                                                                                                                                • 第二节 脂肪酸分析
                                                                                                                                                                                  • 一、菌株的培养与收集
                                                                                                                                                                                    • 二、提取技术
                                                                                                                                                                                      • 三、检测条件
                                                                                                                                                                                        • 四、报告分析
                                                                                                                                                                                          • 五、结果展示
                                                                                                                                                                                          • 第三节 肽聚糖分析
                                                                                                                                                                                            • 一、全细胞壁氨基酸的分析
                                                                                                                                                                                              • 二、纯细胞壁氨基酸的分析
                                                                                                                                                                                              • 第四节 呼吸醌分析
                                                                                                                                                                                                • 一、主要仪器与试剂
                                                                                                                                                                                                  • 二、醌样品的制备
                                                                                                                                                                                                    • 三、高效液相色谱(HPLC)检测
                                                                                                                                                                                                      • 四、结果分析
                                                                                                                                                                                                      • 第五节 全细胞水解糖分析
                                                                                                                                                                                                        • 一、薄层层析法
                                                                                                                                                                                                          • 二、液相色谱法
                                                                                                                                                                                                          • 第六节 枝菌酸分析
                                                                                                                                                                                                            • 一、菌株的培养与收集
                                                                                                                                                                                                              • 二、枝菌酸的提取
                                                                                                                                                                                                                • 三、枝菌酸的检测
                                                                                                                                                                                                                  • 四、结果分析
                                                                                                                                                                                                                    • 五、其他方法
                                                                                                                                                                                                                    • 第七节 多胺的检测
                                                                                                                                                                                                                      • 一、实验方法
                                                                                                                                                                                                                        • 二、检测条件及方法
                                                                                                                                                                                                                      • 第七章 分子生物学特征
                                                                                                                                                                                                                        • 第一节 DNA的提取及纯化
                                                                                                                                                                                                                          • 一、酶法小量提取DNA及DNA的纯化
                                                                                                                                                                                                                            • 二、Chelex裂解法提取DNA
                                                                                                                                                                                                                            • 第二节 16S rRNA基因的扩增
                                                                                                                                                                                                                              • 第三节 琼脂糖凝胶电泳
                                                                                                                                                                                                                                • 第四节 16S rRNA基因的TA克隆
                                                                                                                                                                                                                                  • 第五节 16S rRNA基因序列的拼接
                                                                                                                                                                                                                                    • 第六节 16S rRNA基因序列同源性分析
                                                                                                                                                                                                                                      • 一、基于EzBioCloud进行16S rRNA基因序列同源性分析
                                                                                                                                                                                                                                        • 二、基于NCBI进行16S rRNA基因序列同源性分析
                                                                                                                                                                                                                                        • 第七节 基于16S rRNA基因序列的系统发育树的构建
                                                                                                                                                                                                                                          • 第八节 DNA指纹图谱技术
                                                                                                                                                                                                                                            • 第九节 基因组测序及分析
                                                                                                                                                                                                                                              • 一、基因组DNA提取与准备
                                                                                                                                                                                                                                                • 二、基因组文库的构建
                                                                                                                                                                                                                                                  • 三、基因组测序技术
                                                                                                                                                                                                                                                    • 四、测序数据处理
                                                                                                                                                                                                                                                    • 第十节 基因组相关性指数分析
                                                                                                                                                                                                                                                      • 一、dDDH分析
                                                                                                                                                                                                                                                        • 二、ANI/AAI分析
                                                                                                                                                                                                                                                          • 三、POCP分析
                                                                                                                                                                                                                                                          • 第十一节 基因组树的构建
                                                                                                                                                                                                                                                            • 一、基因组树构建的一般步骤
                                                                                                                                                                                                                                                              • 二、GTDB-Tk的使用方法
                                                                                                                                                                                                                                                                • 三、EasyCGTree的使用方法
                                                                                                                                                                                                                                                              • 第八章 序列上传及菌种保藏
                                                                                                                                                                                                                                                                • 第一节 序列的上传
                                                                                                                                                                                                                                                                  • 一、标记基因的上传
                                                                                                                                                                                                                                                                    • 二、原核生物基因组序列提交
                                                                                                                                                                                                                                                                    • 第二节 菌种的保藏
                                                                                                                                                                                                                                                                      • 一、菌种保藏中心发展历史
                                                                                                                                                                                                                                                                        • 二、菌种保藏中心现状
                                                                                                                                                                                                                                                                          • 三、我国菌种保藏中心现状
                                                                                                                                                                                                                                                                            • 四、菌种的保藏及保藏号的获得
                                                                                                                                                                                                                                                                          • 第九章 命名法规与方法
                                                                                                                                                                                                                                                                            • 第一节 传统命名法规
                                                                                                                                                                                                                                                                              • 一、ICNP发展历程
                                                                                                                                                                                                                                                                                • 二、命名法规的基本原则
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • 三、ICNP存在的问题
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • 第二节 SeqCode命名法规
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • 一、SeqCode的发展过程
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • 二、SeqCode与ICNP的区别与联系
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • 三、基于SeqCode的合格命名
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • 四、SeqCode存在的问题
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • 第三节 名称的书写规范和创建方法
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • 一、学名的基本形式
                                                                                                                                                                                                                                                                                              • 二、命名的基本原理
                                                                                                                                                                                                                                                                                                • 三、拉丁语基本语法
                                                                                                                                                                                                                                                                                                  • 四、如何呈现新名称及其词源
                                                                                                                                                                                                                                                                                                    • 五、批量创建属名

                                                                                                                                                                                                                                                                                                相关图书