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数量生态学——R语言的应用（第二版）

样章
作者：
Daniel Borcard François Gillet Pierre Legendre 著 赖江山 译
定价：
66.00 元
版面字数：
530千字
开本：
16开
装帧形式：
平装
版次：
2
最新版次
印刷时间：
2023年
ISBN：
978-7-04-053950-9
物料号：
53950-00
出版时间：
2020-05-08
读者对象：
学术著作
一级分类：
自然科学
二级分类：
生态
三级分类：
生态科学

近年来，随着新的数据分析方法在生态学和环境科学研究中的迅速发展和大数据时代的来临，R语言统计软件以其灵活、开放、易于掌握、免费等诸多优点，在生态科学和环境科学研究领域迅速传播并赢得广大研究者的青睐。数量生态学方法是现代生态学研究的重要工具，本书是连接数量生态学方法和R语言的桥梁。本书首先介绍探索性数据分析和关联矩阵的构建，然后介绍数量生态学三类主要方法：聚类分析、排序（非约束排序和典范排序）、空间分析，最后一部分介绍多样性计算及beta多样性组分分解、功能多样性和谱系多样性等当代群落生态学热点领域的一些分析方法。本书的重点不是介绍数量方法的理论基础和数学公式，而是在简要介绍分析方法原理的基础上，利用案例数据，手把手地教大家如何在R中实现数量分析。本书可作为生态学、环境科学及其他相关专业（例如海洋学、分子生态学、农学和土壤科学）本科生和研究生的教学参考书，也可作为相关领域科研人员的自学参考书。

  • 目录
    • 前辅文
      • 第1章 绪论
        • 1.1 为什么需要数量生态学？
          • 1.2 为什么用R？
            • 1.3 本书的读者群和结构
              • 1.4 如何使用本书
                • 1.5 数据集
                  • 1.5.1 Doubs鱼类数据集
                    • 1.5.2 甲螨数据集
                    • 1.6 关于R帮助资源的提醒
                      • 1.7 现在是时候了
                      • 第2章 探索性数据分析
                        • 2.1 目标
                          • 2.2 数据探索
                            • 2.2.1 数据提取
                              • 2.2.2 物种数据：第一次接触
                                • 2.2.3 物种数据：进一步分析
                                  • 2.2.4 生态数据转化
                                    • 2.2.5 环境数据
                                    • 2.3 小结
                                    • 第3章 关联测度与矩阵
                                      • 3.1 目标
                                        • 3.2 关联测度的主要类别（简短概述）
                                          • 3.2.1 Q模式和R模式
                                            • 3.2.2 Q模式下对称或非对称的系数：双零问题
                                              • 3.2.3 定性或定量数据的关联测度
                                                • 3.2.4 概括
                                                • 3.3 Q模式：计算对象之间的相异矩阵
                                                  • 3.3.1 Q模式：定量的物种数据
                                                    • 3.3.2 Q模式：二元（有-无）物种数据
                                                      • 3.3.3 Q模式：定量数据（除物种多度数据外的数据）
                                                        • 3.3.4 Q模式：二元数据（除物种有-无数据外的数据）
                                                          • 3.3.5 Q模式：混合类型、包括分类（定性多级）变量
                                                          • 3.4 R模式：计算变量之间的依赖矩阵
                                                            • 3.4.1 R模式：物种多度数据
                                                              • 3.4.2 R模式：物种有-无数据
                                                                • 3.4.3 R模式：定量和序数数据（除物种多度外的数据）
                                                                  • 3.4.4 R模式：二元数据（除物种多度外的数据）
                                                                  • 3.5 物种数据的预转化
                                                                    • 3.6 小结
                                                                    • 第4章 聚类分析
                                                                      • 4.1 目标
                                                                        • 4.2 聚类概述
                                                                          • 4.3 基于连接的层次聚类
                                                                            • 4.3.1 单连接聚合聚类
                                                                              • 4.3.2 完全连接聚合聚类
                                                                              • 4.4 平均聚合聚类
                                                                                • 4.5 Ward最小方差聚类
                                                                                  • 4.6 灵活聚类
                                                                                    • 4.7 解读和比较层次聚类结果
                                                                                      • 4.7.1 引言
                                                                                        • 4.7.2 同表型相关
                                                                                          • 4.7.3 寻找可解读的聚类簇
                                                                                          • 4.8 非层次聚类
                                                                                            • 4.8.1 k-均值划分
                                                                                              • 4.8.2 围绕中心点划分（PAM）
                                                                                              • 4.9 用环境数据进行比较
                                                                                                • 4.9.1 用外部数据进行类型比较（方差分析途径）
                                                                                                  • 4.9.2 双类型比较（列联表分析）
                                                                                                  • 4.10 物种集合
                                                                                                    • 4.10.1 组内数据简单统计
                                                                                                      • 4.10.2 Kendall共性系数（W）
                                                                                                        • 4.10.3 基于有-无数据的物种集合
                                                                                                          • 4.10.4 物种共生网络
                                                                                                          • 4.11 指示物种
                                                                                                            • 4.11.1 引言
                                                                                                              • 4.11.2 IndVal：物种指示值
                                                                                                                • 4.11.3 相关类型的指数
                                                                                                                • 4.12 多元回归树(MRT)：约束聚类
                                                                                                                  • 4.12.1 引言
                                                                                                                    • 4.12.2 计算（原理）
                                                                                                                      • 4.12.3 使用mvpart和MVPARTwrap程序包运行MRT
                                                                                                                        • 4.12.4 组合MRT和IndVal
                                                                                                                        • 4.13 MRT作为单元聚类方法
                                                                                                                          • 4.14 顺序聚类（sequential clustering）
                                                                                                                            • 4.15 另类途径：模糊聚类
                                                                                                                              • 4.15.1 使用cluster程序包内fanny()函数进行c-均值模糊聚类
                                                                                                                                • 4.15.2 使用vegclust()函数进行噪声（noise）聚类
                                                                                                                                • 4.16 小结
                                                                                                                                • 第5章 非约束排序
                                                                                                                                  • 5.1 目标
                                                                                                                                    • 5.2 排序概述
                                                                                                                                      • 5.2.1 多维空间
                                                                                                                                        • 5.2.2 降维空间内的排序
                                                                                                                                        • 5.3 主成分分析（PCA）
                                                                                                                                          • 5.3.1 概述
                                                                                                                                            • 5.3.2 使用rda()函数对Doubs环境数据进行PCA分析
                                                                                                                                              • 5.3.3 转化后的物种数据PCA分析
                                                                                                                                                • 5.3.4 PCA应用领域
                                                                                                                                                  • 5.3.5 使用PCA.newr()函数进行PCA分析
                                                                                                                                                    • 5.3.6 PCA中缺失值的估算
                                                                                                                                                    • 5.4 对应分析（CA）
                                                                                                                                                      • 5.4.1 引言
                                                                                                                                                        • 5.4.2 使用vegan包里的cca()函数进行CA分析
                                                                                                                                                          • 5.4.3 使用CA.newr()函数进行对应分析
                                                                                                                                                            • 5.4.4 弓形效应和去趋势对应分析(DCA)
                                                                                                                                                              • 5.4.5 多重对应分析（MCA）
                                                                                                                                                              • 5.5 主坐标分析（PCoA）
                                                                                                                                                                • 5.5.1 引言
                                                                                                                                                                  • 5.5.2 利用cmdscale()和vegan包对Doubs数据进行PCoA分析
                                                                                                                                                                    • 5.5.3 使用pcoa()函数对Doubs数据进行PCoA分析
                                                                                                                                                                    • 5.6 非度量多维尺度分析（NMDS）
                                                                                                                                                                      • 5.6.1 引言
                                                                                                                                                                        • 5.6.2 鱼类数据NMDS分析
                                                                                                                                                                          • 5.6.3 PCoA或NMDS？
                                                                                                                                                                          • 5.7 手写排序函数
                                                                                                                                                                          • 第6章 典范排序
                                                                                                                                                                            • 6.1 目标
                                                                                                                                                                              • 6.2 典范排序概述
                                                                                                                                                                                • 6.3 冗余分析（RDA）
                                                                                                                                                                                  • 6.3.1 引言
                                                                                                                                                                                    • 6.3.2 Doubs数据集RDA分析
                                                                                                                                                                                      • 6.3.3 基于距离的RDA分析（db-RDA）
                                                                                                                                                                                        • 6.3.4 手写RDA函数
                                                                                                                                                                                        • 6.4 典范对应分析（CCA）
                                                                                                                                                                                          • 6.4.1 引言
                                                                                                                                                                                            • 6.4.2 Doubs数据集CCA分析
                                                                                                                                                                                            • 6.5 线性判别式分析（LDA）
                                                                                                                                                                                              • 6.5.1 引言
                                                                                                                                                                                                • 6.5.2 使用lda()函数进行判别式分析
                                                                                                                                                                                                • 6.6 其他非对称分析
                                                                                                                                                                                                  • 6.6.1 主响应曲线（PRC）
                                                                                                                                                                                                    • 6.6.2 协对应分析（CoCA）
                                                                                                                                                                                                    • 6.7 两个（或多个）数据集的对称分析
                                                                                                                                                                                                      • 6.8 典范相关分析
                                                                                                                                                                                                        • 6.8.1 引言
                                                                                                                                                                                                          • 6.8.2 使用CCorA()进行典范相关分析
                                                                                                                                                                                                          • 6.9 协惯量分析（CoIA）
                                                                                                                                                                                                            • 6.9.1 引言
                                                                                                                                                                                                              • 6.9.2 使用ade4包coinertia()函数进行协惯量分析
                                                                                                                                                                                                              • 6.10 多元因子分析（MFA）
                                                                                                                                                                                                                • 6.10.1 引言
                                                                                                                                                                                                                  • 6.10.2 使用FactoMineR进行多元因子分析
                                                                                                                                                                                                                  • 6.11 关联物种属性和环境因子
                                                                                                                                                                                                                    • 6.11.1 第四角法
                                                                                                                                                                                                                      • 6.11.2 RLQ分析
                                                                                                                                                                                                                        • 6.11.3 使用R进行分析
                                                                                                                                                                                                                        • 6.12 小结
                                                                                                                                                                                                                        • 第7章 生态学数据空间分析
                                                                                                                                                                                                                          • 7.1 目标
                                                                                                                                                                                                                            • 7.2 空间结构和空间分析：简短概述
                                                                                                                                                                                                                              • 7.2.1 引言
                                                                                                                                                                                                                                • 7.2.2 诱导性空间依赖和空间自相关
                                                                                                                                                                                                                                  • 7.2.3 空间尺度
                                                                                                                                                                                                                                    • 7.2.4 空间异质性
                                                                                                                                                                                                                                      • 7.2.5 空间相关或自相关函数和空间相关图
                                                                                                                                                                                                                                        • 7.2.6 空间相关检验的条件
                                                                                                                                                                                                                                          • 7.2.7 模拟空间结构
                                                                                                                                                                                                                                          • 7.3 多元趋势面分析
                                                                                                                                                                                                                                            • 7.3.1 引言
                                                                                                                                                                                                                                              • 7.3.2 练习趋势面分析
                                                                                                                                                                                                                                              • 7.4 基于特征根的空间变量和空间建模
                                                                                                                                                                                                                                                • 7.4.1 引言
                                                                                                                                                                                                                                                  • 7.4.2 基于距离的Moran特征根图（dbMEN）和邻体矩阵主坐标分析（PCNM）
                                                                                                                                                                                                                                                    • 7.4.3 更广泛的MEM：除地理距离外的权重
                                                                                                                                                                                                                                                      • 7.4.4 应该使用正空间相关还是负空间相关的MEM？
                                                                                                                                                                                                                                                        • 7.4.5 具有方向性的非对称特征向量图（AEM）
                                                                                                                                                                                                                                                        • 7.5 另外一种了解空间结构的途径：多尺度排序(MSO)
                                                                                                                                                                                                                                                          • 7.5.1 原理
                                                                                                                                                                                                                                                            • 7.5.2 甲螨数据多尺度排序：探索性方法
                                                                                                                                                                                                                                                              • 7.5.3 去趋势甲螨物种和环境数据多尺度排序
                                                                                                                                                                                                                                                              • 7.6 无重复多元方差分析中的时空交互作用检验
                                                                                                                                                                                                                                                                • 7.6.1 引言
                                                                                                                                                                                                                                                                  • 7.6.2 用sti函数验证时空交互作用
                                                                                                                                                                                                                                                                  • 7.7 小结
                                                                                                                                                                                                                                                                  • 第8章 群落多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                    • 8.1 目标
                                                                                                                                                                                                                                                                      • 8.2 多样性的多面性
                                                                                                                                                                                                                                                                        • 8.2.1 引言
                                                                                                                                                                                                                                                                          • 8.2.2 用单一数值度量的物种多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                            • 8.2.3 计算分类（物种）多样性指数
                                                                                                                                                                                                                                                                            • 8.3 alpha、beta和gamma多样性的空间差异
                                                                                                                                                                                                                                                                              • 8.4 Beta多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                                • 8.4.1 单一数值的beta多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                                  • 8.4.2 beta多样性作为群落组成数据的方差：SCBD和LCBD指数
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • 8.4.3 将beta多样性分解为替换、丰富度差异和嵌套
                                                                                                                                                                                                                                                                                    • 8.5 群落功能多样性、功能组成和谱系多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                                      • 8.5.1 alpha功能多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • 8.5.2 beta 分类、谱系和功能多样性
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • 8.6 小结
                                                                                                                                                                                                                                                                                        • 参考文献
                                                                                                                                                                                                                                                                                          • 索引
                                                                                                                                                                                                                                                                                            • 彩插

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                                                                                                                                                                                                                                                                                            李太安 安黎哲 李凤民 译

                                                                                                                                                                                                                                                                                            45.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            生态学基础（第五版）

                                                                                                                                                                                                                                                                                            陆健健 王 伟 王天慧 何文珊 李秀珍 译

                                                                                                                                                                                                                                                                                            99.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            理论生态学——原理及应用（第三版）

                                                                                                                                                                                                                                                                                            陶毅 王百桦 译

                                                                                                                                                                                                                                                                                            46.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            景观与恢复生态学——跨学科的挑战

                                                                                                                                                                                                                                                                                            Zev Naveh 著

                                                                                                                                                                                                                                                                                            59.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            湿地生态学

                                                                                                                                                                                                                                                                                            陆健健 何文珊 童春富 王伟

                                                                                                                                                                                                                                                                                            35.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            现代生态学讲座（V）: 宏观生态学与可持续性科学

                                                                                                                                                                                                                                                                                            邬建国 李凤民

                                                                                                                                                                                                                                                                                            59.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            农业生态学

                                                                                                                                                                                                                                                                                            马世铭 封克

                                                                                                                                                                                                                                                                                            39.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            生态学未来之展望——挑战、对策与战略

                                                                                                                                                                                                                                                                                            韩兴国 伍业钢

                                                                                                                                                                                                                                                                                            59.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            生态经济学引论

                                                                                                                                                                                                                                                                                            Michael Common Sigrid Stagl 著 金志农 余发新 吴伟萍 等译

                                                                                                                                                                                                                                                                                            89.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            变化中的生态系统——全球变暖的影响

                                                                                                                                                                                                                                                                                            Julie Kerr Casper 著 赵斌 郭海强 译

                                                                                                                                                                                                                                                                                            39.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            荒漠生物土壤结皮生态与水文学研究

                                                                                                                                                                                                                                                                                            李新荣 著

                                                                                                                                                                                                                                                                                            368.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            Contemporary Ecology Research in China 当代中国生态学研究

                                                                                                                                                                                                                                                                                            李文华 主编

                                                                                                                                                                                                                                                                                            169.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            The Trophic-Dynamic Aspect of Ecology（生态学中的营养动力论）

                                                                                                                                                                                                                                                                                            Raymond Laurel Lindeman

                                                                                                                                                                                                                                                                                            49.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            生态学导论——揭秘生态学模型（第四版）

                                                                                                                                                                                                                                                                                            储诚进 王酉石

                                                                                                                                                                                                                                                                                            49.00 元 收藏

                                                                                                                                                                                                                                                                                            植被生态学（第二版）

                                                                                                                                                                                                                                                                                            宋永昌

                                                                                                                                                                                                                                                                                            119.00 元 收藏