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系统生物信息学——工程案例法（翻译版）

样章
作者：
安宁 杨矫云 王爱国 丁会通 李廉
定价：
39.00元
ISBN：
978-7-04-049743-4
版面字数：
510.000千字
开本：
特殊
全书页数：
暂无
装帧形式：
平装
重点项目：
暂无
出版时间：
2019-01-25
读者对象：
高等教育
一级分类：
计算机/教育技术类
二级分类：
计算机科学与技术专业课程

全书共分为六个部分，主要包括信号处理（第二部分）、控制系统（第三部分）、通信（第四部分）、合成生物学（第五部分）以及反向工程（第六部分），结合信号处理、电路分析、控制系统和通信中的强大计算工具，介绍了生物信息学研究中定量的、系统的方法，形象地展示了工程背景下的生物学过程，有助于读者更容易地使用专业技能解决系统生物信息领域的挑战。

本书内容丰富，结构清晰，可作为计算机科学与技术、通信工程、生物工程等专业相关课程教材，也可供相关领域的科技工作者自学参考。

  • 前辅文
  • 第一部分 引言：分子与细胞生物学
    • 第1章 分子和细胞生物学——工程的观点
      • 1.1 细胞的结构与功能
      • 1.2 细胞信息处理引论
      • 1.3 蛋白质的重要性和多样性
      • 1.4 DNA复制：复制编码
      • 1.5 转录：发送一个信使
      • 1.6 翻译：合成蛋白质
      • 1.7 基因表达调控
      • 1.8 基因工程
      • 1.9 小结
      • 致谢
      • 参考文献
    • 第2章 蛋白质组学：从基因组到蛋白质组
      • 2.1 定义蛋白质组
        • 2.1.1 从基因到蛋白质
        • 2.1.2 什么是蛋白质组学？
        • 2.1.3 功能蛋白质组学
      • 2.2 功能蛋白质组学方法中基因集合的构建
        • 2.2.1 克隆工程的靶基因选择
        • 2.2.2 克隆生产
        • 2.2.3 测序和分析
        • 2.2.4 复制品维护和分配
      • 2.3 克隆在功能蛋白质组学方法中的应用
        • 2.3.1 高通量蛋白质生产
        • 2.3.2 蛋白质矩阵
        • 2.3.3 基于细胞的功能蛋白质组学实验
      • 参考文献
  • 第二部分 分析：信号处理
    • 第3章 细胞级生物信号处理
      • 3.1 基本信号处理概念
        • 3.1.1 信号
        • 3.1.2 系统
        • 3.1.3 随机过程和频谱分析
      • 3.2 信号检测和估计
        • 3.2.1 DNA测序
        • 3.2.2 基因识别
        • 3.2.3 蛋白质热点识别
      • 3.3 系统识别和分析
        • 3.3.1 基因调节系统
        • 3.3.2 蛋白质信号系统
      • 3.4 小结
      • 致谢
      • 参考文献
    • 第4章 质谱分析中的信号处理方法
      • 4.1 引言
        • 4.1.1 数据采集法
        • 4.1.2 电离技术的起源
        • 4.1.3 样品处理
        • 4.1.4 离子化
        • 4.1.5 通过质量电荷分离离子
        • 4.1.6 离子检测和数据记录
        • 4.1.7 数据预处理
        • 4.1.8 样本数据
      • 4.2 信号重采样
        • 4.2.1 算法说明与讨论
        • 4.2.2 下采样实例
      • 4.3 背景校正
        • 4.3.1 算法说明与讨论
        • 4.3.2 基线减法实例
      • 4.4 校准质荷比
        • 4.4.1 算法说明与讨论
        • 4.4.2 校正质荷比值的案例分析
      • 4.5 相对强度标准化
      • 4.6 平滑噪声
        • 4.6.1 线性拟合滤波平滑
        • 4.6.2 Savitzky和Golay滤波器平滑
        • 4.6.3 噪声平滑实例
      • 4.7 识别离子峰
      • 参考文献
  • 第三部分 分析：控制与系统
    • 第5章 控制与系统基本原理
      • 5.1 引言
      • 5.2 控制和系统论基本概念回顾
      • 5.3 系统生物学中的控制论
      • 5.4 细胞网络的逆向工程
      • 5.5 基因网络
      • 5.5.1 布尔网络
      • 5.5.2 动态贝叶斯网络
      • 5.6 小结
      • 致谢
      • 参考文献
    • 第6章 细胞网络建模
      • 6.1 引言
      • 6.2 动力学模型的构建与分析
        • 6.2.1 参数估计和资源建模
        • 6.2.2 模型组成的模块化方法
        • 6.2.3 基本动力学
        • 6.2.4 确定性模型
        • 6.2.5 细胞噪声和随机方法
        • 6.2.6 系统分析技术
      • 6.3 案例分析
        • 6.3.1 单基因表达
        • 6.3.2 磷酸化-去磷酸化循环
        • 6.3.3 合成的种群控制线路
      • 6.4 小结
      • 参考文献
  • 第四部分 分析：概率数据网络与通信
    • 第7章 生物分子网络拓扑分析
      • 7.1 细胞网络
        • 7.1.1 基因调控网络
        • 7.1.2 蛋白质相互作用网络
        • 7.1.3 代谢调控网络
        • 7.1.4 无尺度特性
      • 7.2 细胞网络的拓扑结构
        • 7.2.1 基因调控网络中的网络基序
        • 7.2.2 蛋白质网络的拓扑特征
        • 7.2.3 代谢网络的拓扑
        • 7.2.4 邻接矩阵
        • 7.2.5 枢纽
        • 7.2.6 可达性
      • 7.3 基因本体与必需基因的功能聚类
      • 7.4 小结
      • 参考文献
    • 第8章 基于贝叶斯网络的遗传分析
      • 8.1 引言
      • 8.2 群体遗传学因素
      • 8.3 贝叶斯网络
        • 8.3.1 表示
        • 8.3.2 学习
        • 8.3.3 推理
        • 8.3.4 验证与推断
        • 8.3.5 风险预测
      • 8.4 两个实例
        • 8.4.1 镰状细胞贫血患者的中风风险
        • 8.4.2 复杂性状的网络表示
      • 8.5 小结
      • 致谢
      • 参考文献
  • 第五部分 设计：合成生物学
    • 第9章 合成生物学设计原理
      • 9.1 引言
      • 9.2 电路
        • 9.2.1 核糖核酸调节子
        • 9.2.2 反馈回路
        • 9.2.3 拨动开关
        • 9.2.4 逻辑门
        • 9.2.5 振荡器
      • 9.3 多细胞系统
      • 9.4 挑战
        • 9.4.1 标准化
        • 9.4.2 随机性
        • 9.4.3 定向进化
        • 9.4.4 随机诱变、定向诱变以及重组
        • 9.4.5 系统接口
        • 9.4.6 动力学
      • 9.5 小结
      • 参考文献
    • 第10章 BioJADE：使用生物元件设计和构建合成生物系统
      • 10.1 引言
      • 10.2 BioJADE基本原理和BioBricks构建
        • 10.2.1 灵感
        • 10.2.2 BioBricks标准
        • 10.2.3 BioBricks的定义
        • 10.2.4 抽象屏障
      • 10.3 表示元件
      • 10.4 BioJADE体系结构
        • 10.4.1 内容
        • 10.4.2 示意图
        • 10.4.3 功能网络方面
        • 10.4.4 DNA方面
        • 10.4.5 图标方面
        • 10.4.6 元件资源库
      • 10.5 使用BioJADE的实例：压缩振荡子
      • 10.6 仿真
        • 10.6.1 D－FLUX
        • 10.6.2 Stochastirator
        • 10.6.3 Tabasco
        • 10.6.4 模拟
      • 10.7 现实检查
        • 10.7.1 生物电路设计
        • 10.7.2 漏洞反击
      • 10.8 下一步工作
        • 10.8.1 模拟
        • 10.8.2 元件
        • 10.8.3 系统设计
        • 10.8.4 测量
      • 致谢
      • 参考文献
    • 第11章 应用细胞工程
      • 11.1 引言
        • 11.1.1 生物系统工程
        • 11.1.2 细胞催化机制
        • 11.1.3 早期的成就
      • 11.2 工程工具
        • 11.2.1 网络模型及分析
        • 11.2.2 实验方法
      • 11.3 案例研究：大肠杆菌中1,3-丙二醇的生产
      • 11.4 前沿
      • 11.5 小结
      • 参考文献
  • 第六部分 集成：在工程中应用生物学的设计和原则
    • 第12章 DNA/RNA序列杂交的三个视角
      • 12.1 引言
      • 12.2 DNA/RNA序列杂交和自交的简要介绍
      • 12.3 DNA/RNA序列杂交：生物视角
        • 12.3.1 功能性RNA分子
        • 12.3.2 基因沉默与RNA干扰
        • 12.3.3 RNA编辑与重编码
        • 12.3.4 易损坏DNA区域与二级结构
      • 12.4 DNA/RNA序列杂交：技术视角
        • 12.4.1 DNA计算机
        • 12.4.2 DNA微矩阵
        • 12.4.3 DNA密码学
        • 12.4.4 DNA/RNA辅助纳米粒子装配
      • 12.5 DNA/RNA序列杂交：编码理论视角
        • 12.5.1 DNA编码
        • 12.5.2 DNA微矩阵
        • 12.5.3 枚举RNA模体
      • 12.6 小结
      • 参考文献
    • 第13章 生物分子计算的应用在密码学上的突破
      • 13.1 引言
      • 13.2 DNA背景介绍
        • 13.2.1 DNA操作
        • 13.2.2 各种著名的DNA模型的对比
      • 13.3 分解两个大素数的乘积
        • 13.3.1 RSA公钥加密系统简介
        • 13.3.2 对于每一个无符号整数的DNA链解空间
        • 13.3.3 两个大素数乘积的构建
        • 13.3.4 并行比较器的构建
        • 13.3.5 并行一位减法器的构建
        • 13.3.6 二进制并行减法器的构建
        • 13.3.7 二进制并行除法器的构建
        • 13.3.8 寻找两个大素数
        • 13.3.9 破解RSA公钥加密系统
        • 13.3.10 算法1的复杂度
      • 13.4 小结
      • 参考文献
    • 第14章 趋化性：从生物工程设计中学习导航和资源定位策略
      • 14.1 引言
      • 14.2 细菌趋化性原则
      • 14.3 随机游动的数学化描述
      • 14.4 用于扩散环境的基于趋化性的算法
        • 14.4.1 单节点有偏随机游动和受体协作
        • 14.4.2 用于源追踪的多节点有偏随机游动
        • 14.4.3 用于梯度追踪的多化学受体协作
      • 14.5 趋化算法的性能比较
      • 14.6 小结
      • 参考文献

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