系统发育分析是基因组学和生物信息学等新兴领域的核心内容。尽管生物信息学发展极为迅猛，但系统发育分析仍然被认为是其中较难理解的部分。本书是一本非常实用的书，会帮助读者快速学习如何构建系统发育树。即使您不能全部理解本书中“学习更多&rdquo
- 目录
- 前辅文
- 第1章 前言
- 全新升级的软件
- 什么是系统发育树？
- 构建系统发育树：基本介绍
- 扩展内容
- 学习更多的原理
- 关于附录Ⅲ
- 计算程序简述以及如何获得它们
- 如何感谢软件作者
- 《轻松构建系统发育树》配套网站
- 第2章 构建系统发育树
- 为什么要构建系统发育树？
- 关于这个教程
- 搜索与你的目标序列相关的序列
- 判断哪些相关序列可用于你的系统发育树分析
- 下载序列
- 比对序列
- 构建一个邻接（NJ）树
- 总结
- 第3章 获取序列
- 搜寻同源序列：什么样的序列可以用于构建一个系统树？
- 进一步熟悉BLAST 搜索
- 使用BLAST 的核苷酸检索页面
- 使用BLAST搜索相关的蛋白质序列
- 建树的最终序列选择
- 用其他方式寻找感兴趣的序列（注意！风险较高）
- 第4章 序列联配
- 用MUSCLE 软件联配序列
- 检查和手工调整联配结果
- 检查平均一致度来估测联配结果的可信度
- 通过调整MUSCLE 参数设置提升联配速度
- 用ClustalW 联配序列
- 第5章 构建系统发育树的主要方法
- 第6章 邻接树
- 使用MEGA 5 构建邻接树
- 无根和有根树
- 估测系统树的可靠性
- 如何处理蛋白质序列？
- 第7章 绘制系统发育树
- 第8章 最大简约法
- 第9章 最大似然法
- 用MEGA 进行最大似然法分析
- 用自展法估计ML树的可靠性
- 如果是蛋白质序列会怎么样?
- 第10章 用MrBayes 程序构建贝叶斯树
- MrBayes 概述
- 用MrBayes 估算树的一个通用策略
- 创建执行文件
- 如何运行你的MrBayes 分析？
- 更复杂（更有用）的“mrbayes blocks”
- 当MrBayes 运行时的屏幕输出
- 如果你不能获取聚合是什么原因？
- 蛋白质序列如何处理？
- 可视化贝叶斯树
- 使用FigTree 软件
- 第11章 使用不同的计算机平台
- 命令行程序
- Macintosh 平台上运行MEGA 软件
- 行结束符问题
- 安装命令行程序
- 命令行程序的运行环境
- 获得和安装MrBayes
- 运行公用程序
- 第12章 使用GUIDANCE进行高级联配
- 联配可靠性问题
- GUIDANCE 是如何工作的
- 用SmallData 数据集阐述的例子
- GUIDANCE 的应用
- 第13章 重建祖先序列
- 用MEGA 的最大似然法重建祖先序列
- 构建的祖先序列有多准确？
- 第14章 检测适应性进化
- 联配准确性对于检测适应性进化的影响
- 使用MEGA 检测适应性进化
- 用codeml 检测适应性进化
- 总结
- 第15章 系统发育网络
- 为什么仅用系统树并不足够
- 有根和无根的系统发育网络
- 用SplitsTree 估算无根的系统发育网络
- 用Dendroscope 软件从有根树构建有根网络
- 第16章 最后的建议：学习编程
- 附录Ⅰ 文件格式及其相互转换
- 附录Ⅱ 其他程序
- 附录Ⅲ 常见问题
- 参考文献
