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轻松构建系统发育树:实用操作方法和理论(第4版)


作者:
陈士超 吴晓运
定价:
50.00元
ISBN:
978-7-04-043948-9
版面字数:
350.000千字
开本:
16开
全书页数:
264页
装帧形式:
平装
重点项目:
暂无
出版时间:
2016-02-26
读者对象:
高等教育
一级分类:
生物科学
二级分类:
进化生物学

系统发育分析是基因组学和生物信息学等新兴领域的核心内容。尽管生物信息学发展极为迅猛,但系统发育分析仍然被认为是其中较难理解的部分。本书是一本非常实用的书,会帮助读者快速学习如何构建系统发育树。即使您不能全部理解本书中“学习更多”知识框中的内容,也可以完成任务。当你能娴熟地构建系统树之后,就容易理解这些附加的解释和理论背景知识,并更有技巧地加以运用。

本书适合生物信息学、进化生物学、基因组学等相关学科的青年学子作为入门教材阅读,也可供相关学科的科研人员与教师参考。

  • 前辅文
  • 第1章 前言
    • 全新升级的软件
    • 什么是系统发育树?
    • 构建系统发育树:基本介绍
    • 扩展内容
    • 学习更多的原理
    • 关于附录Ⅲ
    • 计算程序简述以及如何获得它们
    • 如何感谢软件作者
    • 《轻松构建系统发育树》配套网站
  • 第2章 构建系统发育树
    • 为什么要构建系统发育树?
    • 关于这个教程
    • 搜索与你的目标序列相关的序列
    • 判断哪些相关序列可用于你的系统发育树分析
    • 下载序列
    • 比对序列
    • 构建一个邻接(NJ)树
    • 总结
  • 第3章 获取序列
    • 搜寻同源序列:什么样的序列可以用于构建一个系统树?
    • 进一步熟悉BLAST 搜索
    • 使用BLAST 的核苷酸检索页面
    • 使用BLAST搜索相关的蛋白质序列
    • 建树的最终序列选择
    • 用其他方式寻找感兴趣的序列(注意!风险较高)
  • 第4章 序列联配
    • 用MUSCLE 软件联配序列
    • 检查和手工调整联配结果
    • 检查平均一致度来估测联配结果的可信度
    • 通过调整MUSCLE 参数设置提升联配速度
    • 用ClustalW 联配序列
  • 第5章 构建系统发育树的主要方法
    • 距离法和基于性状的方法
    • 你应该用哪一种方法?
  • 第6章 邻接树
    • 使用MEGA 5 构建邻接树
    • 无根和有根树
    • 估测系统树的可靠性
    • 如何处理蛋白质序列?
  • 第7章 绘制系统发育树
    • 改变系统树的外观
    • 为系统树置根
    • 保存系统树
    • 说明
  • 第8章 最大简约法
    • MP搜索方法
    • 多个同等简约树
    • 最后的分析
  • 第9章 最大似然法
    • 用MEGA 进行最大似然法分析
    • 用自展法估计ML树的可靠性
    • 如果是蛋白质序列会怎么样?
  • 第10章 用MrBayes 程序构建贝叶斯树
    • MrBayes 概述
    • 用MrBayes 估算树的一个通用策略
    • 创建执行文件
    • 如何运行你的MrBayes 分析?
    • 更复杂(更有用)的“mrbayes blocks”
    • 当MrBayes 运行时的屏幕输出
    • 如果你不能获取聚合是什么原因?
    • 蛋白质序列如何处理?
    • 可视化贝叶斯树
    • 使用FigTree 软件
  • 第11章 使用不同的计算机平台
    • 命令行程序
    • Macintosh 平台上运行MEGA 软件
    • 行结束符问题
    • 安装命令行程序
    • 命令行程序的运行环境
    • 获得和安装MrBayes
    • 运行公用程序
  • 第12章 使用GUIDANCE进行高级联配
    • 联配可靠性问题
    • GUIDANCE 是如何工作的
    • 用SmallData 数据集阐述的例子
    • GUIDANCE 的应用
  • 第13章 重建祖先序列
    • 用MEGA 的最大似然法重建祖先序列
    • 构建的祖先序列有多准确?
  • 第14章 检测适应性进化
    • 联配准确性对于检测适应性进化的影响
    • 使用MEGA 检测适应性进化
    • 用codeml 检测适应性进化
    • 总结
  • 第15章 系统发育网络
    • 为什么仅用系统树并不足够
    • 有根和无根的系统发育网络
    • 用SplitsTree 估算无根的系统发育网络
    • 用Dendroscope 软件从有根树构建有根网络
  • 第16章 最后的建议:学习编程
  • 附录Ⅰ 文件格式及其相互转换
    • 格式描述
    • 转换格式
  • 附录Ⅱ 其他程序
  • 附录Ⅲ 常见问题
  • 参考文献

《轻松构建系统发育树:实用操作方法和理论》配套数字课程包括:(1)书中所有插图的彩色版,数字课程中所有彩图均可点击放大并下载;(2)书中用于系统发育分析的序列文件,学习者可从数字课程中下载相应压缩包。