本书根据两位作者多年的教学与科研经验创作而成, 兼顾学科基础和研究前沿。全书着重于生物信息学的基础理论和主要软件, 覆盖该学科几乎所有的主要方面: 双序列的比较、快速比对和序列数据库的查询方法、多序列比较、DNA序列中的信号元素、分子进化树分析、基因组重组、基因表达数据分析、RNA结构比对和预测、蛋白质学中的质谱分析、蛋白质结构预测等。书中配有大量习题, 其难易程度用星号标注, 其中的个别未解决问题特别注明, 可以作为研究生的研究课题。
本书不仅适合作为高年级本科生和研究生开设生物信息学或计算生物学的教材, 也可供希望了解生物信息理论和工具的生命科学、数学和计算机等方向的科研人员阅读参考。
- 前言
- 第一章 生物序列比对
- §1.1 DNA、RNA和蛋白质
- §1.2 比对: 序列比较的模型
- §1.3 比对图
- §1.4 比对的记分法则
- §1.5 全序列比对: 动态规划算法
- §1.6 局部比对: Smith-Waterman 算法
- §1.7 最优占用空间的比对算法
- §1.8 比对蛋白质序列所使用的打分矩阵
- 参考文献
- 练习题
- 第二章 快速比对方法
- §2.1 同源序列查询和数据库搜索
- §2.2 序列中的字分布
- §2.3 字匹配的散列表方法
- §2.4 点阵法
- §2.5 程序
- §2.6 BLAST 程序
- §2.7 散核方法
- 参考文献
- 练习题
- 第三章 多序列比对
- §3.1 为什么需要比对多个生物序列?
- §3.2 模体、谱、共识序列
- §3.3 Logo: 一个序列保守区域的可视化方法
- §3.4 多序列比对的SP 分数
- §3.5 多序列比对的复杂性
- §3.6 渐进式比对
- §3.7 近似算法
- §3.8 多序列比对实用程序
- §3.9基因组的比对
- 参考文献
- 练习题
- 第四章 隐马尔可夫模型及基因序列的识别
- §4.1 隐马尔可夫模型
- §4.2 基本算法
- §4.3 蛋白质簇的隐马尔可夫链模型
- §4.4 GENSCAN: 预测人基因组中的全基因结构程序
- 参考文献
- 练习题
- 第五章 分子进化树分析
- §5.1 达尔文的进化树
- §5.2 进化树的数学性质
- §5.3 构建分子进化树I: Parsimony 方法
- §5.4 构建分子进化树II: 基于距离的方法
- §5.5 构建分子进化树III: 最大似然法和贝叶斯方法
- §5.6 构建分子进化树的两个实际问题
- §5.7 祖先状态的推断
- §5.8 基因树和物种树的融合
- 参考文献
- 练习题
- 第六章 计算蛋白质组学
- §6.1 基础知识
- §6.2 肽从头测序
- §6.3 搜库及其统计学验证
- §6.4 翻译后修饰
- §6.5 其他研究课题
- 参考文献
- 练习题
- 索引
- 英汉术语对照
- 版权
